Świątynię budowano 9 lat. Jej konsekracja miała miejsce 30 lipca 1698 roku. Trzydzieści lat później, w sąsiedztwie kościoła zaczęto budować jezuickie kolegium – od 1811 roku pełniące funkcję gmachu głównego Uniwersytetu Wrocławskiego.
Choć oficjalnie figuruje pod nazwą Najświętszego Imienia Jezus, to dziś jego najczęściej używaną, potoczną nazwą jest właśnie Kościół Uniwersytecki. (Przed wojną był to kościół pod wezwaniem św. Macieja - Matthiaskirche).
Kościół wzniesiony został przez jezuitów, według projektu włoskiego architekta Teodora Moretti. Jest jednonawowy, z dwoma rzędami bocznych kaplic. Wystrój świątyni ocalał z wojennej zawieruchy. W środku do dziś podziwiać możemy m.in. rzeźby Magoldta i Tauscha, czy iluzjonistyczne freski salzburskiego malarza Johanna Michaela Rottmayra. Poza nabożeństwami, niekiedy organizowane są tu koncerty (m.in. w ramach festiwalu Wratislavia Cantans).
Niewątpliwą ciekawostką historyczną jest zakrystia świątyni. Podobno zaadaptowano na nią jedyny niewyburzony budynek stojącego tu dawniej cesarskiego zamku.
